A Comissão Eleitoral Nacional do CAU Brasil (CEN-CAU/BR), responsáveis por convocar as Eleições do CAU, conduz o processo eleitoral em âmbito nacional, atuando como instância recursal em cada uma das eleições. É responsável ainda pela condução da Eleição de Representante das Instituições de Ensino Superior (IES) de Arquitetura e Urbanismo.
Comissões Eleitorais das Unidades da Federação (CE-UF), Atuam em âmbito estadual e são compostas por 3 (três) ou 5 (cinco) membros titulares, arquitetos e urbanistas, eleitos pelos respectivos plenários.
As Comissões Eleitorais são responsáveis por divulgar todos os atos referentes a candidaturas, denúncias e impugnações e prestar esclarecimentos relacionados ao Regulamento Eleitoral. Devem também receber, apreciar e julgar denúncias referentes ao processo eleitoral, dando-lhes os devidos encaminhamentos.
Cada Comissão Eleitoral terá um site específico com todas as informações das Eleições do CAU no Estado, no Distrito Federal, ou nas Instituições de Ensino Superior.